A côté de ces valeurs partagées, le cours de religion protestante a pour spécificité d'interroger avec rigueur les textes bibliques et leur enracinement historique et culturel afin d'en dégager des voies possibles pour une spiritualité ouverte sur la société contemporaine.
Un volet important du cours est également réservé à la découverte des fondements historiques du Protestantisme (en particulier, par l'étude de l'histoire de la Réforme au XVIe siècle) mais aussi à l'étude du Protestantisme contemporain dans toute sa diversité.